När danskarna väl avseglat, vänder sig magistraten i Göteborg till Kunglig Majestät med begäran om att Kyrkogårdsholmen måste befästas. Generalkvartermästaren Johan Wärnsköld får nu i uppdrag att utarbeta nya planer för försvaret av älvmynningen. Raskt sätter han de av danskarna utförda och raserade blockhuset och förskansningarna tillbaka i stånd.

Men planeringen av mera permanenta försvarsverk går extremt långsamt. Både Wärnsköld och Göteborgs stad påpekar i flerfaldiga inlagor till regeringen hur viktigt det är att nya befästningar snarast kommer till stånd. 

I augusti månad 1653 nästan 10 år senare är ritningarna till den nya fästningen godkända, och byggnadsarbetet kan taga sin början under ledning av arkitekten själv, generalkvartermästare Wärnsköld. Wärnsköld avlider dock 1674 och ersätts av Erik Dahlberg, som nu fullbordar Nya Älvsborg. 1660 beslutas att gamla Älvsborg slott skall rivas. Allt av värde inklusive kanoner flyttas nu hit ut till ön. 1677 anses Nya Älvsborg vara i behörigt försvarsstånd.